La Confagricoltura è organizzata con una sede nazionale, a Roma, un ufficio a Bruxelles, ed in modo capillare sul territorio con 18 strutture Regionali e 95  Provinciali ed Interprovinciali
Le Confagricoltura regionali coordinano le Confagricoltura provinciali dalle quali sono costituite e le rappresentano nei confronti degli enti e delle realtà regionali.
Inoltre, possono aderire alle Confagricoltura regionali le associazioni, gli enti, le organizzazioni e le società operanti nella regione che abbiano scopi che si armonizzino con quelli delle Federazioni stesse.
Le strutture regionali, oltre ad acquisire sempre più una notevole valenza strategica sono un importante anello di congiunzione tra la Confederazione e le Confagricoltura provinciali. 
Le Confagricoltura provinciali perseguono gli obiettivi confederali a livello territoriale. 
Hanno il contatto diretto con gli agricoltori loro associati e sono a loro volta socie della Confederazione. 
Sono articolate in una sede provinciale ed in uffici di zona e recapiti che garantiscono lo stretto contatto con il territorio, facilitando lo svolgimento delle attività e dei servizi. 
Attualmente, su tutto il territorio nazionale gli uffici di zona sono 380 ed i recapiti 491.     
Oltre alle attività sindacali istituzionali, le strutture provinciali svolgono servizi diretti alle aziende anche attraverso società di servizi controllate totalmente dalle Unioni stesse.
I principali servizi offerti suddivisi per aree tematiche sono:

AREA LAVORO E PREVIDENZA	Consulenza rapporti di lavoro dipendente, autonomo e parasubordinato Consulenza contratti collettivi di lavoro settore agroalimentare Assistenza datori di lavoro Assistenza lavoratori autonomi Assistenza pensionati Rapporti con gli enti previdenziali Stipula contratti di lavoro collettivi ed individuali Trattative sindacali collettivi ed aziendali Elaborazione retribuzioni e modulistica lavoratori dipendenti Verifica posizioni contributive Calcolo importi pensioni
AREA ECONOMICA	Consulenza e assistenza Politica Agricola Comune (PAC) Consulenza e assistenza contributi nazionali e regionali
CENTRI ASSISTENZA AGRICOLA (CAA)	Preparazione e presentazione domande contributi PAC seminativi; PAC zootecnia; Anagrafe zootecnica Preparazione e presentazione delle richieste di erogazione dei contributi
AREA TECNICA	Consulenza e assistenza Piano di Sviluppo Rurale Consulenza e assistenza agriturismo Consulenza e assistenza produzioni biologiche Consulenza e assistenza meccanizzazione agricola Consulenza e assistenza carburanti agricoli agevolati
AREA FISCALE	Consulenza e assistenza imposta sul valore aggiunto (IVA) Consulenza e assistenza dichiarazione dei redditi Consulenza e assistenza contabilità e bilanci Consulenza e assistenza imposte dirette Consulenza e assistenza imposte indirette Consulenza e assistenza contenziosi tributari vari Consulenza e assistenza ricorsi presso commissioni tributarie Consulenza e assistenza accertamenti con adesione
ASSISTENZA FISCALE (CAF)	Preparazione e presentazione modelli 730, ISE, ICI, RED